Структура института:
1. Международная научно-исследовательская лаборатория Археозоологического центра изучения Центральной Азии — ZooStan
(Руководитель – PhD Уильям Ренду)

Содиректор PhD Ринат Жуматаев

Целью Археозоологического центра по изучению Центральной Азии (ЗооСтан) является изучение древних человеческих обществ через призму взаимоотношений человека и животных с особым акцентом на период от среднего плейстоцена до среднего голоцена.
Члены: PhD Светлана Шнайдер, Сымбат Сагындыкова, Багашар Кожахметов, Рысбек Баккельди
Внешние члены: PhD Раду Иовита, PhD Салтанат Алишер Кызы, Анастасия Колясникова
Публикации: Berezina, N., Ziganshin, R., Kolobova, K., Rendu, W., Buzhilova, A., 2024. Bison sex matters: the potential of proteomic tooth enamel analysis for determination of ancient human subsistence strategies. Archaeological and Anthropological Sciences, 16(9), p. 142. https://doi.org/10.1007/s12520-024-01642-8
Iovita, R., Rendu, W., Lindauer, S. et al. A Newly Dated Late Pleistocene and Holocene Archaeological Assemblage from Bukhtarma Cave in the Southern Altai Piedmont, East Kazakhstan. J Paleo Arch 7, 21 (2024). https://doi.org/10.1007/s41982-024-00187-x
2. Международная научно-исследовательская лаборатория геоархеологии
Целью деятельности лаборатории является применение широкого спектра методов естественнонаучных дисциплин для изучения и датировки археологических памятников на территории Казахстана и Средней Азии через призму всемирной истории на основе современных методологических парадигм и инструментария.

Члены: Р. Сала, Ж.-М. Деом
Публикации: Sala, R., Deom, J.-M. (2005) Petroglyphs of South Kazakhstan. Almaty, Lab of Geoarchaeology (in English and Russian), 150 p.
Сала Р., Деом Дж.М. (2017) Геоархеология аридной зоны: на примере Казахстана, Алматы, «Казахский университет», 206 с.
3. Лаборатория археологической консервации и реставрации
(Руководитель - Б.Б. Бесетаев)
Целью деятельности лаборатории является комплекс временных мер по обеспечению физической и механической целостности археологических находок, обеспечение их длительной сохранности, а также приведение их в экспозиционный вид и подготовка к длительному хранению.
Публикации: Омаров, Г.К., Бесетаев, Б.Б. (2019) Средневековые кочевники восточного Казахстана (по материалам могильника Туйетас и Аян) // Ұлы Дала: тарих пен мәдениет. III-том. Көне түркілер әлемі. Көрме каталогы. – Великая степь: история и культура. Том III. Мир древних тюрков. Каталог выставки. – The Great Steppe: history and culture. Volume III. The world of the ancient turks. The exhibition catalogue. Под ред. А. Онгарулы. – Нур-Султан, C. 34-48
Омаров, Г. К., Константинов, Н. А., & Бесетаев, Б. Б. (2025). Архитектура и планиграфия погребальных ансамблей Восточного Казахстана в контексте выявления истоков раннесакской культуры. Археология Казахстана, 28(2 (28), 39–55. https://doi.org/10.52967/akz2025.2.28.39.55
4. Научный центр музееведения и памятниковедения
(руководитель – PhD Т.Е. Картаева)

Целью деятельности центра является научное исследование культурного наследия, хранящегося в музейных фондах Казахстана, учёт наследия, сохранившегося в народе, изучение, сбор и систематизация памятников этнографического периода, сохранившихся под открытым небом, выявление, учёт и документирование этнографических памятников, находящихся под угрозой уничтожения. В сферу деятельности центра входят также исследования в области нематериального культурного наследия, музейной этнографии, музееведения и памятниковедения, исследования «живых памятников» по направлениям «этноботаника», «этнозоология».
Члены: PhD А.К.Бейсегулова
Публикации: Картаева, Т.Е. (2010). Этногеография казахов нижнего течения реки Сырдарьи (вторая пол. ХIХ века-нач. ХХ века). Вопросы истории Кыргызстана, (3), 131-139.
5. Лаборатория «Археологическая дендрохронология»
Основной целью дендрохронологии является датирование новейших периодов археологических культур и памятников, а также совершенствование существующих и разработка новых методических и методических подходов к использованию дендрохронологической информации, отвечающих потребностям археологической науки и практики.