Кафедра «Информационные системы» образована на базе кафедры "Математическое обеспечение ЭВМ", от­крытой в 1973 году, первым заведующим которой являлся доктор физико-математических наук К.А. Касымов. Затем кафедрой заведовал доктор физико-мате­матических наук, профессор М.М.Телемтаев.

В 1989 году открыта новая кафедра "ЭВМ и кибернетика" со специализациями " Математическое обеспечение ЭВМ" и "Математическая кибернетика". Заведующим кафедрой стал доктор физико-математических наук, доцент Т.Н.Бияров.

В 1997 году, в результате объединения кафедр «Математическое обеспечение ЭВМ» и «Математическая кибернетика» образовывается кафедра «ЭВМ и математическое обеспечение, математическая кибернетика». Заведующим на конкурсной основе избран доктор физико-математических наук, доцент Т. Н. Бияров. Также в эти годы согласно требованиям времени, открыта специальность «Информационные системы в бизнесе».

В ноябре 2001 года, кафедра «ЭВМ и математическое обеспечение, математическая кибернетика» разделилась на такие кафедры, как «Математическая кибернетика и информационные системы», «Информатика».

С октября 2002 года по математической кибернетике и информационных систем заведующим кафедрой являлся доктор физико-математических наук, профессор Н.Т. Данаев.

С конца 2003 года кафедрой заведует доктор технических наук, профессор У. А. Тукеев. В этот же период кафедра переименовывается на «Информационные системы».

С 2011 года доктор технических наук, профессор Мутанов Галымкаир Мутанович работает в должности заведующего.

С 2018 года заведующим кафедрой «Информационные системы» на конкурсной основе избрана Есенгалиева Жанна Сержановна.

C 2019 года заведующим кафедрой «Информационные системы» избрана Мусиралиева Шынар Женисбековна.

В профессорско-преподавательский состав данного структурного подразделения входят 5 профессора, 3 доктора, 14 кандидатов, 7 PhD докторов.

В 2014 году на кафедре «Информационные системы» открыта новая специальность «Системы информационной безопасности».