Ақпараттық жүйелер кафедрасы өзінің бастауын 1973 жылы ашылған «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау» кафедрасынан алады. Кафедраның алғашқы меңгерушісі физика-математика ғылымдарының докторы Қ.А.Қасымов болды. 

1989 жылы «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау» және «Математикалық кибернетика» мамандықтарымен «ЭЕМ және кибернетика» кафедрасы ашылды. Осы кезде кафедра меңгерушісі қызметін техника ғылымдарының докторы, доцент Т.Н.Бияров атқарды.

1997 жылы, яғни «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау» және «Математикалық кибернетика» кафедраларының бірігуінен кейін кафедра «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау және математикалық кибернетика» деп аталды. Ал, кафедра меңгерушісі болып конкурс бойынша физика-математика ғылымдарының докторы, доцент Т.Н.Бияров таңдап алынды. Еңбек нарығында туындаған сұраныстарға сәйкес кафедрада «Бизнестегі ақпараттық жүйелер» деп аталатын жаңа мамандық ашылды.

2001 жылдың қараша айында «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау және математикалық кибернетика» кафедрасы «Математикалық кибернетика және ақпараттық жүйелер» және «Информатика» кафедрасы болып екіге бөлінді.

2002 жылдың қазанынан бастап математикалық кибернетика және ақпараттық жүйелер кафедрасының меңгерушісі физика-математика ғылымдарының докторы, профессор Н.Т.Данаев болды.

2003 жылдың сәуір айының аяғынан бастап кафедраны техника ғылымдарының докторы, профессор У.А.Төкеев басқарды. Сол кезден бастап математикалық кибернетика және ақпараттық жүйелер кафедрасы «Ақпараттық жүйелер» кафедрасы болып өзгертілді.

2011 - 2017 жылдары кафедра меңгеруші қызметін техника ғылымдарының докторы, профессор Мұтанов Ғалымқайыр Мұтанұлы атқарды.

2018 жылдан бастап кафедра меңгеруші қызметін конкурс бойынша таңдалып, PhD докторы, Есенғалиева Жанна Сержанқызы атқарады.

2019 жылдан бастап кафедра меңгеруші қызметін конкурс бойынша таңдалып, ф.-м.ғ.к., Мүсіралиева Шынар Жеңісбекқызы атқарады.

«Ақпараттық жүйелер» кафедрасында ақпараттық жүйелер мен технологиялар саласында ҚР бойынша білікті мамандар қызмет көрсетеді, оның ішінде 5 доктор, 12 ғылым кандидаты, 7 доктор PhD.

Кафедра түлектері кез келген ұйымдарда, банктерде, сақтандыру компанияларында, коммерциялық ұйымдарда, ғылыми-зерттеу ұйымдарында, оқу орындарында оқытушы, өңдеуші – программист, менеджер, желі және МБ администраторы болып жұмыс істей алады.

2014 жылы Ақпараттық жүйелер кафедрасында «Ақпараттық қауіпсіздік жүйелері» жаңа мамандық ашылды.