Родился 18 июня 1957 г. в с. Текес Райымбекского района Алматинской области. В 1975 г. поступил на факультет механики и прикладной математики КазГУ имени С.М.Кирова. В 1980 г. окончил КазГУ по специальности «прикладная математика».
С 1980 по 1982 гг. работал инженером лаборатории экономико-математических методов Института математики и механики АН КазССР. С 1982 г. начинает заниматься в научной школе известного казахстанского ученого в области теории управления С.А.Айсагалиева. С этого момента и по настоящее время жизнь и деятельность М.Н.Калимолдаева неразрывно связаны с КазГУ. Здесь он прошел путь от старшего лаборанта, аспиранта, ассистента, старшего преподавателя, доцента кафедры теории управления до профессора кафедры информационых систем КазНУ имени аль-Фараби.
Под руководством профессоров С.А.Айсагалиева и Т.Н.Биярова подготовил и успешно защитил кандидатскую диссертацию на тему «Исследование динамики многомерных фазовых систем» (1990).
В 2000 году защитил докторскую диссертацию на тему «Устойчивость и математическое моделирование нелинейных многомерных фазовых систем» (2000). Профессор М.Н.Калимолдаев является автором более 60 научных работ, в том числе четырех монографий и пяти учебных пособий для вузов и абитуриентов. Под его руководством защищены три кандидатские диссертации.
Организаторские способности позволили М.Н.Калимолдаеву совмещать научно-преподавательскую деятельность с административной работой. В 2001-2003 гг. – начальник управления и заместитель директора департамента науки Министерства образования и науки РК. В 2003-2005 гг. – первый заместитель председателя Высшего аттестационного комитета.
С 2008 г. – директор Института проблем информатики и управления Комитета науки Министерства образования и науки РК.
Награжден благодарственным письмом Президента РК (2001), грамотами и благодарностями КазНУ.