1957 жылы 18 маусымда Алматы облысы Райымбек ауданы Текес ауылында дүниеге келген. 1975 жылы С.М.Киров атындағы ҚазМУ механика және қолданбалы математика факультетіне оқуға түсіп, 1980 жылы "қолданбалы математика" мамандығы бойынша бітірген.
1980-1982 жылдары ҚазКСР ҒА Математика және механика институтының Экономикалық-математикалық әдістер зертханасында инженер болып жұмыс істеді. 1982 жылдан бастап басқару теориясы саласындағы белгілі қазақстандық ғалым С.А.Айсағалиевтің ғылыми мектебінде оқи бастайды. Осы сәттен бастап қазіргі уақытқа дейін М.Н.Қалимолддаевтың өмірі мен қызметі ҚазМУ-мен тығыз байланысты. Ол мұнда басқару теориясы кафедрасының аға зертханашысы, аспиранты, ассистенті, аға оқытушысы, доценті болып қызмет жасап, әл-Фараби атындағы ҚазҰУ Ақпараттық жүйелер кафедрасының профессорына дейін өскен.
Профессорлар С.А.Айсағалиев пен Т.Н.Бияровтың жетекшілігімен «Көпөлшемді фазалық жүйелердің динамикасын зерттеу» тақырыбында кандидаттық диссертация дайындап, сәтті қорғады (1990).
2000 жылы "Сызықтық емес көп өлшемді фазалық жүйелердің тұрақтылығы және математикалық модельденуі" (2000) тақырыбында докторлық диссертация қорғады. Профессор М.Н.Қалимолдаев 60-тан астам ғылыми жұмыстардың, соның ішінде төрт монография мен жоғары оқу орындары мен талапкерлерге арналған бес оқу құралының авторы. Оның басшылығымен үш кандидаттық диссертация қорғалды.
Өзінің ұйымдастырушылық қабілеттері М.Н.Қалимолдаевқа ғылыми-оқытушылық қызметті әкімшілік жұмыспен қатар алып жүруге мүмкіндік берді. 2001-2003 жылдары ол – ҚР Білім және ғылым министрлігінің басқарма бастығы және ғылым департаменті директорының орынбасары, 2003-2005 жылдары – Жоғары аттестаттау комитеті төрағасының бірінші орынбасары болып қызмет істеді.
2008 жылдан ол – ҚР Білім және ғылым министрлігі Ғылым комитетінің информатика және басқару мәселелері институтының директоры.
ҚР Президентінің Алғыс хатымен (2001), ҚазҰУ грамоталарымен және алғыс хаттарымен марапатталған.