М.Қ. Сапарбаев 1961 жылы 17 қазанда Қарақалпақ АКСР, Нүкіс қаласында инженер-геолог отбасында дүниеге келген. Мұрат 1979 жылы С.М. Киров атындағы Қазақ мемлекеттік университетінің биология факультетіне оқуға түседі. Ол микробиология бойынша маманданды және кафедрада оның ғылыми жетекшісі профессор Майя Хажетдиновна Шигаева болды. Курстық жұмысына, содан кейін дипломдық жұмысына зерттеу жүргізу үшін Мұрат Сапарбаев Новосибирск мемлекеттік университетіне (НМУ) ғылыми жетекші ретінде жіберілді. 1984 жылдың мамыр айында кандидаттық диссертациясын сәтті қорғағаннан кейін ол екі жыл бойы НМУ-де профессор Р.И. Салганик пен биология ғылымдарының кандидаты А.В. Мазиннің жетекшілігімен, содан кейін 1987 жылдан бастап Новосибирскіде Цитология және генетика институтының (ЦГИ) аспирантурасында оқыды. Молекулалық биология зертханасында биология ғылымдарының кандидаты А.В. Мазин мен биология ғылымдарының докторы Г.Л. Дианованың жетекшілігімен Мұрат Сапарбаев 1991 жылы мамырда 03.00.15 – Генетика мамандығы бойынша биология ғылымдарының кандидаты ғылыми дәрежесін алу үшін «Эшерихиоз таяқшасының K12 штамдарындағы плазмидалардағы мутагенді-стимулданған рекомбинацияның молекулалық механизмдері» тақырыбында диссертациясын сәтті қорғады. Осы уақытқа дейін жас ғалымның шетелдік ғылыми журналдарда бірнеше мақалалары жарияланып, Мұрат Сапарбаевты Гюстав-Рози институтының (Вильежуиф, Франция) ДНҚ репарациясы зертханасының докторы Жак Лавалдың қызығушылығын туғызып, постдокторлық оқуға шақырды. 2000 жылдың қыркүйегінен бастап Мұрат Сапарбаев Густав-Роси институтының ДНҚ репарациясы зертханасының меңгерушісі болып тағайындалды. Қазіргі уақытта Мұрат Сапарбаев негізгі ғылыми бағыттары геномның тұрақтылығын сақтайтын молекулалық механизмдер мен қартаю мен қатерлі ісікке әкелетін ақауларды құрайтын ДНҚ репарациясы зертханасын сәтті басқарады.
Жүргізілген зерттеулердің нәтижелерінің жоғары ғылыми маңызы бар, 50-ден астам ғылыми мақалалары рейтингі жоғары ғылыми журналдарда жарияланған мысалы, Proceedings of National Academy of Sciences of S.A.), Natura, Science. Мұрат Сапарбаевтың (Saparbaev М.) Google іздеу жүйесінде (http://www.google.com) 8000-нан астам сілтемелерін табуға болады.
Мұрат Сапарбаев – өз Отанының және әл-Фараби атындағы ҚазҰУ-дың патриоты, ол PhD докторларын, магистрлерді дайындауға белсене қатысады, ғылыми зерттеулер жүргізу үшін зертханасымен қамтамасыз етеді, әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің биология және биотехнология факультетінде, Л.Н. Гумилев атындағы Еуразия ұлттық университетінде және Назарбаев Университетінде кеңес береді, дәрістер оқиды.