Дархан Ахмед-Заки 1981 жылы Шығыс Қазақстан облысында дүниеге келген. 2002 жылы әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің механика-математика факультетін қолданбалы математика мамандығы бойынша үздік бітірген. Сол жылы әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің механика-математика факультетінің магистратурасына түскен.
2004 жылдың қараша айында магистратураны үздік бітіріп, әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің механика-математика факультетінің аспирантурасына оқуға түсті. 2006 жылы аспирантураны бітіріп, ғылыми қызметінің нәтижесі бойынша ғылым мен техниканың дамуына ерекше үлес қосқан ғалымдар мен мамандарға (немесе дарынды жас ғалымдарға) арналған мемлекеттік ғылыми стипендияның лауреаты атанды. 2007 жылы «Температуралық әсерлердің мұнайды ығыстырып шығаруға және қабаттарды электромагниттік зерттеп барлауға ықпалы» тақырыбында кандидаттық диссертация және 2010 жылы 05.13.18 – математикалық модельдеу, сандық әдістер және бағдарламалық кешендер мамандығы бойынша «Кеуекті ортадағы жылу және масса алмасу процестерін компьютерлік модельдеу» тақырыбында докторлық диссертация қорғаған.
2004 – 2009 жж. әл-Фараби атындағы ҚазҰУ-дың компьютерлік және есептеу технологиялары кафедрасының ассистенті, оқытушысы болып жұмыс істеген. 2009 жылдың ақпан-қыркүйек айлары аралығында механика-математика факультеті деканының оқу-әдістемелік жұмысы жөніндегі орынбасары қызметін атқарды. 2009 жылдың қыркүйегінен 2012 жылдың 10 наурызына дейін әл-Фараби атындағы ҚазҰУ-дың механика-математика факультетінің информатика кафедрасын басқарған.
2012-2013 жж. – әл-Фараби атындағы ҚазҰУ механика-математика факультетінің деканы.
2013-2016 жж. – әл-Фараби атындағы ҚазҰУ-дың оқу ісі жөніндегі проректоры.
2016-2017 жж. – Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігі Жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім департаментінің директоры.
2017-2020 жж. – Халықаралық бизнес университетінің президенті.
2020-2022 жж. – Астана IT университетінің ректоры.
2022 жылдан бастап 2023 жылдың қыркүйегіне дейін – Қазақстан Республикасы Ғылым және жоғары білім министрлігі Ғылым комитетінің төрағасы.
2023 жылдың қыркүйек айынан бастап – Қазақстан Республикасы Ғылым және жоғары білім вице-министрі.